Die Pfarrkirche wurde 1181 – 89 als dreischiffige romanische Basilika erbaut. Drei gleichlange Schiffe schließen im Osten in drei halbrunden Apsiden (Altarnischen). Geweiht wurde sie dem Hl. Nikolaus, dem Patron der Schiffer und Flößer, und unterstellt dem Chorherrenstift St. Zeno.

Nach dem Stadtbrand von 1515, von dem die Kirche stark betroffen war, erhöhte man die Seitenschiffe und schuf zusätzliche Emporen. Das Äußere wurde dadurch entscheidend verändert. Die beiden Emporen im Altarraum wurden bereits 1181 angelegt und zeigen die ursprüngliche Bauform der Kirche.

In den folgenden Jahrhunderten wurde die Kirche mehrmals entsprechend dem Zeitgeschmack verändert, der große Stadtbrand von 1834 hat sie verschont. Ab ca. 1850 gab es Pläne, die Kirche auf Grund ihrer Baufälligkeit abzureißen und an anderer Stelle neu zu errichten. Aus Kostengründen entschied man sich jedoch schließlich für einen Umbau, wobei man die Kirche dabei vergrößern wollte. Ein Joch und die Orgelempore wurden nach Westen angebaut. Fenster, Portale und Fassade wurden in neuromanischen Formen gefertigt. Ein neuer Turm wurde gebaut. Die Fresken in der Apsis, im rechten Seitenschiff und den Kreuzweg im Mittelschiff malte Moritz v. Schwind. Die Apsis zeigt die Dreifaltigkeit, sowie die Bistums- und Pfarreipatrone in Verbindung mit der ersten und letzten Station des Kreuzweges.

Im Rahmen einer Innenrenovierung im Jahr 1968 wurden Pfeiler, Säulen und Wände vom Putz befreit. Dadurch wurde der ursprünglich romanische Charakter der Kirche wiederhergestellt. Bei den Arbeiten wurden zwei Fensternischen aus der Bauzeit der Kirche an den Stirnseiten der Emporen entdeckt. Der Innenraum wurde gemäß der Liturgiereform des 2. Vatikanischen Konzils neu gestaltet, wobei der Baldachin-Altar, die Kanzel und das Kommuniongitter einem Volksaltar aus Stein umgeben von Bronzearbeiten (Kreuz, Ambo und Tabernakel) von Josef Hamberger weichen mussten. Der ursprüngliche Goldgrund der Apsis wurde vermutlich aus Kostengründen grau übermalt, die Kreuzwegstationen wurden abgenommen und in den Emporen wieder angebracht.

Im Jahr 1991 stand wieder eine Innenrenovierung an, wobei man hier den ursprünglichen Goldgrund in der Apsis wieder frei legte. Der Kreuzweg fand seinen Platz an alter Stelle im Mittelschiff. Die Kirche erhielt zudem eine neue Orgel der Firma Orgelbau Mathis, Näfels Schweiz. Eine markante, moderne Figur von Bildhauer Andreas Kuhnlein steht im Altarraum.