Die Geschichte der ehemaligen Wallfahrtskirche St. Valentin-Marzoll ist eng verbunden mit der Geschichte der Salinenstadt Bad Reichenhall, den Salzquellen und der Salzerzeugung.

Es ist nachweisbar, dass Marzoll bereits in der Bronzezeit, Urnenfelderzeit, Kelten- und Römerzeit, also sehr früh besiedelt wurde.

Etwa im Jahr 700 fand die Christianisierung durch den Heiligen Bischof Rupert von Salzburg statt. In dieser Zeit wurden auch die ersten christlichen Kirchen in unserem Gebiet erbaut. So auch Marzoll, Nonn und Großgmain, die hochwassergeschütze Anhöhen bevorzugten.

Diese erste Kirche hier in Marzoll war ursprünglich eine Holzkirche und war vielleicht dem Hl. Laurentius geweiht. Sie wurde im Jahre 800 im Güterverzeichnis des Salzburger Erzbischofs bezeugt.

Am 8. September 1142 wurde eine neuerbaute, steinerne Kirche im romanischen Stil durch Bischof Hartmann von Brixen zu Ehren des Hl. Valentin eingeweiht. Um diese Zeit, also im Hochmittelalter gab es in Marzoll Adelige, die sich „Marzoller“ nannten. Sie waren Vögte, also Advokaten und Rechtsbeistände der Kirche, die auch ihre Grablege hier im Gotteshaus hatten.

Um 1430 gab es ein neues Geschlecht, die Sudherren aus Reichenhall, genannt „Fröschl“. Auch sie waren Vögte der Kirche, die ebenfalls ihre Grablege hier im Gotteshaus hatten. Sie ließen die romanische Kirche im Osten durch den gotischen Chor erweitern.

Ende des 15. Jahrhunderts, ca. 1496 wurden wundersame Heilungen bekannt. Diese gaben Anlass zum Ausbau der Kirche: Ein gotisches Gewölbe wurde geschaffen, die gesamte Kirche nach Westen verlängert. Ebenfalls bekam sie einen neuen gotischen Turm und ein gotisches Portal auf der Nordseite.

Unterstützt wurde das Vorhaben durch die Herrschaft der Fröschl und deren Bruder Wigiläus, er war der Fürstbischof von Passau – nachgewiesen durch Ablassbriefe.

Mit Beginn der Barockzeit um das 17. und 18. Jahrhundert bekam die Kirche barocke Altäre und Ausstattung. Anfang des 18. Jahrhunderts, ca. 1715 wurde der Anbau der Portalvorhalle, der Oratorien und der Sakristei auf der Nordseite vorgenommen.

Mitte des 18. Jahrhunderts, bekam die Kirche eine Rokoko-Innenausstattung, die Kanzel, neue Altäre und Rokokostuck, der durch den Wessobrunner Meister Benedikt Zöpf gefertigt wurde. (Ebenso stattete Zöpf das Kloster Höglwörth in Anger und St. Peter in Salzburg mit seinem berühmten Stuck aus.) Der gotische Spitzhelm des Turmes der Valentins-Kirche wurde abgetragen und die barocke Doppelzwiebel aufgesetzt.

Durch die Aufklärung und die damit verbundenen staatlichen und kirchlichen Verbote wurde die Wallfahrt zum Hl. Valentin immer mehr zurückgedrängt, dazu kam noch die Aufhebung des Augustiner-Chorherrenstiftes St. Zeno durch die Säkularisation im Jahre 1803. Ein Jahr darauf wurden alle Votivbilder und Weihegaben aus der Kirche entfernt. Im Zug der Neuorganisation der Seelsorge wurde Marzoll 1809 zur Pfarrei erhoben und zunächst mit ehemaligen Chorherren von St. Zeno besetzt, später mit Weltpriestern (bis 1973). 1974 bis 2010 wurde St. Valentin von der Pfarrei St. Zeno in Bad Reichenhall seelsorglich betreut.

Die blühende Wallfahrt der früheren Jahrhunderte zum Patron der „hinfallenden Krankheit“ ist – bis auf wenige Ansätze – weithin erloschen. Gefeiert wird jedoch nach wie vor das Patroziniumsfest am 14. Februar mit großer Beteiligung der gläubigen Bevölkerung.

Kirchenrenovierung innen war im Jahr 2003 und außen 2005.

Der Volksaltar wurde am 07.02.2010 durch Erzbischof Dr. Reinhard Marx eingeweiht.

1974 bis 2010 wurde St. Valentin von der Pfarrei St. Zeno in Bad Reichenhall seelsorglich betreut und gehört nun zur Kath. Stadtkirche Bad Reichenhall.