Eine Vorgängerkirche wurde 806 gegründet, wobei Karl d. Gr. nicht anwesend war, wie teilweise behauptet worden ist. 1136 wurde St. Zeno als Augustiner-Chorherrenstift von Erzbischof Konrad v. Abensberg gegründet, zur Intensivierung der Seelsorge in unserer Gegend. Die alte Kirche wurde abgebrochen, der Neubau nach 80 jähriger Bauzeit 1228 geweiht. Die Kirche wurde dem Hl. Zeno von Verona geweiht; die Verbindung war, dass es in Verona Probleme mit Hochwasser der Etsch gab, in Reichenhall mit der Saalach. Mit ihren 90 m Länge ist St. Zeno die größte romanische Kirche Altbayerns. Das wichtigste romanische Bauteil ist das großartige Trichterportal aus Untersberger Marmor.

1512 brannte die Kirche vollständig aus; unter Probst Wolfgang Lueger wurde sie im spätgotischem Stil wieder aufgebaut. (Sein Marmorgrab findet sich im linken Seitenschiff) Aus dieser Zeit stammen wichtige Einrichtungsgegenstände der Kirche: die Kanzel, das Chorgestühl , der Taufstein und die Katechismus-Tafeln in der Vorhalle.
1803 kam die Säkularisation: das Stift löste man auf, St. Zeno wurde Pfarrkirche. Spätere Umbauten erfolgten in Barock, Neuromanik und Neugotik, von der noch 4 Seitenaltäre erhalten sind. 1937 kam das Mittelteil des heutigen Hochaltars in die Kirche, 1967 wurde er durch zwei Seitentafeln ergänzt: Mariä Geburt – Mariä Krönung – Mariä Tod : alle Teile um 1520; sie passen thematisch und stilistisch sehr gut zusammen.
Die Löwen am Portal sehen nicht aus wie Löwen heute oder damals aussahen; die damaligen Steinmetze haben sicher nie echte Löwen zu Gesicht bekommen und sich deshalb an zeitgenössischen Löwen-Skulpturen orientiert.